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　　每营主官称参将，是一营主帅，直属有一旗卫兵和一名亲卫总旗、小旗，职责同上；营还有副统领一名，称游击，直属有一什卫兵；营镇抚一名，直属辅兵三百，职责同上；督军一名，直属督兵队两百人，负责维护军纪、军法惩处，军功记录，阵前督战（注：督兵直属督军，防止军官叛乱）。医官一名，下辖医护兵二十名，组织医疗队，负责进行军队医疗和战时救治。

　　一个镇还有直属一到两个部的骑兵队、一个局的斥候队、两到三个局的混合炮队，共有约二十门大小佛朗机炮，三十门大小红夷炮。再加上木匠、铁匠、皮匠、火夫，医士等后勤人员，一镇总计战、辅兵约9500人。（骑兵、炮队这些都是理想中的兵力火力配备，事实上由于缺乏足够的马匹和火炮，肯定会缺额不少），加上辅兵，一镇的实际兵力约8500余人。

　　辅兵的要求虽然没有战兵那么高，但也不低，新军制里辅兵也列入军籍编制，平日里和战兵一同出操，战时承担运送粮草，军械、搭桥、建营等后勤任务，战时尽量少雇佣民夫，以免出现意外导致战败，必要时，要和战兵一起战斗。可以说，新军里，辅兵的战斗力只是略输于战兵。

　　新的营制取消了大明后期军中的顽疾家丁制，说起家丁，这个词在明末出现得比较多，比如万历二十一年朝鲜之役，大将李如松不欲他兵分其功，潜率家丁二千人，参加碧蹄馆战斗。一般而言，军队里的家丁出现于明万历初期，以前只有护卫主将的亲兵。

　　家丁有招募者，有抽调于卫所者，也有将领的子弟。他们都是为将者的心腹，相对于普通军户，他们待遇优厚，家丁死了有抚恤，残疾了家主会养老。他们的装备精良，饷银优先供应，甚至家主以吃兵血，克扣军饷，盘剥其他士兵的饷银来养活这些家丁。

　　家丁盛行近百年，已成顽疾，到了如今每次总兵、副将们移镇，都会带着家丁亲信一起上任，利用这些亲信统辖普通的营兵，这也使得他们对主将的依附性越来越强，也因为他们的存在，将领们对营兵越来越扣克，经常干出一些损公肥私的事，成为大明军中一大顽疾。

　　同时朱由渠也根据前世的经验，再结合这世将领拥兵自重的现状，对军队的基础结构进行改组，主将的权力受到限制和分散。只保留了操训和领兵作战的权力，执法权，军官任免权和饷权都被剥离了出去，分给了督军和镇抚。大大弱化了主将的权威。

　　镇抚掌钱粮和宣传教化，与士卒打成一片，掌握军队的人心，暗地对主将和督军进行监督。督军和镇抚都由上级集体任命，同级主将有推荐权。军官升迁互调利于军官的竞争培养，加强了对军官的驾驭，使其不能抱成一团，仗势横行。

　　战时讲究的是临机而断，不能扯皮，商议来商议去，战机稍纵即逝，主将杀伐决断集与一身，督军和镇抚都需服从执行，如此众心才能如一。平日权力分散，督军、镇抚各依权责而行，三人互相牵制，各成体系。如此，兵变之事将再难发生！

　　以200料作为最小的战船。每艘额定战兵15人，其中肉搏队6人，统一装备腰刀、藤牌；火枪队6人，配备鸟铳和腰刀，和一定数量的弓、弩；因为船上作战摇晃，弓、弩有时比火枪效率高。炮手3人，负责操作1门虎蹲炮，再加上舵工、瞭望手、开船的水手等辅助人员，共计25人，包含正副船长、船长职同总旗、船副值同小旗。

　　300料，400料，500料直到千料大船。战兵和水手、炮手的数量逐步对应增加。船长的品级也相对应提升，500到800料的船长值同把总、千料以上的船长值同千总。总兵、参将等独立领军，统领船队。

　　经过两个多月的筹集，长江水师共有千料以上大船4艘、800料战船10艘、500料战船23艘，400料战船32艘、300料战船48艘，200料战船105艘，大小主力战船合计约230艘（大半是海贼王郑芝龙提供的），另有200料以下的舢板、叶子舟、鸟船等无算。能够同时容纳战兵和水手合计一万余人。足以装下所有新近招募的水勇了。

　　正卒的要求是二十以上，五十以下，身体未有残疾，且粗通武艺（刀枪棍棒，拳法格斗）或技艺（会施放火炮，会骑马，会射箭，会放铳等等）中一种或者多种，熟悉战阵；有野战经验的的优先。无阿芙蓉膏吸食史，正卒月俸银一两五钱，月粮八斗。正式成军后的亲军就是这待遇。

　　锐卒的要求是二十以上，四十五以下，身体未有残疾的男性，精通武艺或技艺的一种或多种，根据戚继光九等技艺标准，必须达到四等以上，考核合格；熟悉战阵；有十次以上野战经验，实战经验丰富；有阵斩建奴首级者优先晋级锐卒。无阿芙蓉膏吸食史。锐卒月俸银二两，月粮一石二斗。正式成军后的炮兵、海员、斥候等少数技术兵种享受的是锐卒的待遇。